VSDocker 2.0 - утилита для виртуального скрининга с использованием программы AutoDock 4
Автор Никита Прахов
16.05.2009 г.
32-разрядная консольная версия
VSDocker 2.0 — средство для организации виртуального скрининга с использованием программы AutoDock-4. Утилита VSDocker предназначена для запуска на вычислительных Windows-кластерах под управлением .
Некоторые характерные особенности VSDocker:
предельная автоматизация процесса скрининга
возможность использования множества файлов со структурами лигандов (*.mol2); количество лигандов практически неограниченно
возможность задания параметров AutoDock-4 через командную строку при запуске VSDocker
балансированный алгоритм распределения ресурсов кластера
Красным цветом выделены каталоги и расширения файлов которые должны присутствовать обязательно, изменять их названия не допускается. Черным цветом показаны названия файлов и каталогов переименование которых допустимо.
Вы можете хранить в рабочей директории неограниченное количество папок с проектами (лимитируется пространством на жестком диске). Количество лигандов также ограничено лишь размерами накопителей.
Файлы с пространственными структурами лигандов доступны через интернет на сайте « »
Структура каталогов после скрининга:
Зеленым цветом выделены каталоги и файл которые создаются в результате выполнения программы. Многие „промежуточные“ файлы после использования немедленно удаляются для экономии места на дисках.
По окончании докинга в директории „Output“ будет создан файл с именем „summarize_sort.rtf“ содержащий отсортированные результаты виртуального скрининга. В директории „Dockings“ можно найти папки с файлами для каждого лиганда. Они имеют соответствующие имена. Для визуальной оценки результатов докинга загрузите в « » итоговый файл из интересующей Вас папки. Имя файла строится по шаблону: zinc_name_rec_name.dlg“.
