Мы хотели бы представить для российского научного сообщества новый сайт с некоторыми популярными сервисами по биоинформатике - http://bri-shur.com. Среди используемых алгоритмов - как оригинальные разработки группы Genebee так и другие адаптированные открытые программы.

Сервисы включают скрининг по гомологии, множественное выравнивание, скрининг по регулярному выражению, филогенетический анализ, гомологичное моделирование, некоторые полезные утилиты, а так же собственную поисковую систему по базе Medline.

Общеизвестно, что американские и европейские биоинформатические веб-порталы  по уровню  намного опережают российские. Так, программа Blast является общепризнанным эталоном в решении задачи скрининга по гомологии. Однако опыт разработчиков сайта bri-shur.com позволяет утверждать, что при некоторой доле упрямства можно создать оригинальные сервисы, которые если не превосходят эталонные американские сервисы, то по крайней мере дополняют их и занимают свою нишу в разнообразных способах анализа биологической информации, которыми может пользоваться ученый.

Анализ последовательностей биополимеров - благородная задача, находящаяся на переднем крае науки. Некоторые люди даже сравнивают это занятие с толкованием Библии. Название сайта bri-shur.com также составлено из древнееврейских корней: “bri” - жизнь, животное и “shur” - выстраивать в ряд, упорядочивать. Поэтому и в качестве логотипа сайта выбраны древнеарамейские буквы, обозначающие название сайта.

Работа над проектом началась с адаптации программы скрининга по гомологии, разработанного группой Genebee в НИИ ФХБ Белозерского, к новым платформам и новым базам данных. Получившийся сервис сейчас проигрывает Blast по скорости работы, что планируется исправить за счет использования ускорителей на GPU. Также планируется добавить в сервисы скрининг по профилю, аналогичный по использованию сервису psi-blast.

Далее на сайте был адаптирован как сервис алгоритм множественного выравнивания Genebee, который до сих пор является одним из лучших в мире алгоритмов множественного выравнивания, филогенетический анализ по собственному алгоритму и такая полезная утилита как скрининг по регулярному выражению.(паттерну), а также популярная программа nest по гомологичному моделированию пространственных структур белков. Сервисы по возможности состыкованы друг с другом, для более удобной передачи данных с выхода одного сервиса на вход другого.

Поскольку, объем банка данных последовательностей постоянно увеличивается, растет и объем биологической литературы. Одной из перспективных тенденций в мире является компьютерная обработка естественного языка в приложении к биологической литературе. Для участия в этом направлении, на сайте была разработана собственная поисковая система по базе Medline. С этой целью база Medline была проанализирована, автоматически выделены и размечены фразы, которые могут быть аналогами ключевых слов, и проведен синтаксический анализ, чтобы улучшить качество поиска и упростить нахождение нужной статьи. Так как сайт существует не в вакууме, а среди других более крупных проектов, в ряде случаев автоматически генерируются ссылки в нужное место портала Ncbi.

Бришур - это лаборатория для экспериментов in silico, с набором инструментов необходимых для анализа биологических данных. Здесь есть множество сервисов по обработки первичных последовательностей,  поиск научных статей на заданную тематику по базе данных Medline, инструментарий для моделирования 3D структур белков и другие полезные сервисы, реализованные на основе открытых программ и собственных оригинальных алгоритмов.

Наша задача — собрать в одном месте удобные сервисы необходимые  для исследователя, чтобы в едином интерфейсе можно было решать  типовые задачи биоинформатики.

Сайт находится в  разработке, поэтому мы заранее просим прощения за возможные ошибки в работе и за шероховатости интерфейса. 

В планах разработчиков организовать доступ  к ресурсоемким биоинформатическим расчетам с использованием вычислений на графических ускорителях и суперкомпьютерах.

Будем благодарны  за замечания по работе реализованных сервисов и предложение новых сервисов, всегда готовы к сотрудничеству. 

С уважением,
Команда Bri-shur