Терминация  трансляции –  завершающий  этап  синтеза  белка,  при  котором происходит  гидролиз  пептидил-тРНК  и  высвобождается  новосинтезированный полипептид.  В  этом  процессе  принимаются  участие  белковые  факторы, функциональные  аналоги  тРНК,  специфические  связывающиеся  со  стоп-кодонами. У эукариот все три стоп-кодона (UAA, UAG или UGA) в мРНК распознаются фактором eRF1 (eukaryotic peptide chain release factor 1). eRF1 состоит из трех доменов, причем N-концевой  домен  отвечает  за  специфическое  взаимодействие  со  стоп-кодоном.

Многочисленные  исследования  показали  влияние  на  специфичность  работы eRF1 точечных  мутаций  в  различных  областях N-концевого  домена,  однако  ни  сайт взаимодействия  со  стоп-кодоном,  ни  механизм  декодирования  до  сих  пор  остаются невыясненными.  В  нашей  работе  применены  методы  молекулярного моделирования  для  поиска  участка  взаимодействия  2-го  и 3-го  нуклеотидов  стоп-кодона с доменом 1 eRF1 (N-домен белка eRF1). 

Работа  разделена  на  две  части:  во-первых,  это  первичный (грубый)  поиск места связывания N-домена  и  лиганда  с  помощью  программы  для  молекулярного  докинга Autodock (версия 3), а, во-вторых, более точный расчет энергий взаимодействия с помощью программы молекулярной динамики Amber [5]. На первом этапе происходит отбор потенциальных сайтов взаимодействия N-концевого домена eRF1 с лигандом, в качестве  которого  выбран  РНК-дипурин (AA, AG, GA  или GG).  Такой  лиганд  был выбран  на  основании  двух  предпосылок:  во-первых,  стоп-кодоны  и  триптофановый кодон представляют собой мотив U-пурин-пурин, при  этом показано, что мотив UGG не  может  работать  в  качестве  стоп-кодона  даже  в  модельной  системе  в  отсутствии триптофановой тРНК. Поэтому комплексы GG с N-концевым доменом eRF1 не должны быть сопоставимы по стабильности с комплексами динуклеотидов AA, GA и GA. Во-вторых,  известные  экспериментальные  сведения  дают  основание  сомневаться  в одновременном  распознавании  первого  нуклеотида U  и  остальных  нуклеотидов  стоп-кодона, позволяя предположить двухэтапный процесс. Эти данные позволяют считать допустимой применение такой минимальной модельной системы для моделирования.