С использованием программы AutoDock 3.0 проведен докинг ряда агонистов и антагонистов в глутаматсвязывающие центры метаботропных и ионотропных глутаматных рецепторов. Показано, что при использовании методологии молекулярного докинга возможно получение лиганд-рецепторных комплексов, имеющих  геометрию, согласующуюся  с  экспериментальными  данными. Изучено влияние наличия молекул воды в лигандсвязывающем центре рецептора на ориентацию лигандов.

Метаботропные  глутаматные  рецепторы (mGluR), открытые  немногим  более 10  лет  назад,  являются  рецепторами,  сопряженными c G-белком. В  отличие  от ионотропных  рецепторов,  осуществляющих  быструю синаптическую  передачу  сигнала, метаботропные  рецепторы  вовлечены  в  ряд  более  длительных  сигнал передающих  процессов. Этот  класс  рецепторов,  сопряженных c G-белком,  значительно  отличается  от других  представителей  как  строением,  так  и  локализацией  в  нервных  тканях. В  настоящее  время  лиганды  метаботропных  глутаматных  рецепторов  интенсивно  изучаются  с  целью  поиска  как  потенциальных нейропротекторов,  так  и  регуляторов  тонких  внутриклеточных  процессов.

Важным  этапом  исследования  лиганд-белковых взаимодействий  является  докинг  лигандов  в  белковые  структуры. Докингом  называется  процесс “подстыковки”  лиганда  в  лиганд-связывающий  центр (ЛСЦ)  рецептора  с  целью  поиска  как  наиболее  выгодных  положений  и  ориентаций  лигандов  в  ЛСЦ,так  и  выявления  факторов,  изменение  которых  может  привести  к  улучшению  лиганд-рецепторного взаимодействия. Поскольку  определение  пространственных  структур  комплексов  лиганд–рецептор  с помощью  различных  физико-химических  методов для  всех  лигандов  невозможно,  задачей  докинга  является  предсказание  связывания  химических  соединений  с  рецепторами  на  основании  только  виртуального  эксперимента.

Существует множество  алгоритмов  осуществления молекулярного  докинга. Их  главной  задачей  является нахождение  глобального минимума  энергии  взаимодействия  между  лигандом  и  белком  с  помощью  исследования  всего  доступного  для  лиганда  пространства  системы...