Использована программа Autodock 3.0 для оценки сродства ряда производных гуанозиннуклеотидов к активным центрам ГТФ-связывающих белков. Рассчитанные  геометрические конфигурации комплексов могут  служить источником информации об исходных координатах реагентов в ферментативных реакциях  гидролиза  гуанозинтрифосфата.

Гуанозинтрифосфат (ГТФ)  играет  важную  роль  в процессе  передачи  сигнала  от  рецепторов мембраны к  ядру  клетки. Ферменты Ras  с молекулой ГТФ в активном  центре  выполняют  роль “выключателя”  при передаче  сигнала. В  положении “включено” молекула находится  в форме ГТФ –  сигнал  проходит. Под  действием фермента  осуществляется  гидролиз, молекула ГТФ  переходит  в  гуанозиндифосфат (ГДФ),  переводя систему  в  положение “выключено”  и  блокируя  передачу  сигнала. Детальный механизм  реакции  гидролиза ГТФ  до  сих  пор  остается  предметом  дискуссий.

Экспериментальные методы  исследований,  в  частности  методы  рентгеноструктурного  анализа,  дают возможность  оценить  пространственное  расположение атомов  реагентов  и  продуктов  реакции,  однако определить  пути  движения  частиц  в  ходе  химической реакции  экспериментально  невозможно. Дополнением экспериментальных  исследований могут  служить методы  компьютерного  моделирования.  В  частности, комбинированные методы  квантовой  и молекулярной механики (КМ/ММ)  позволяют  установить  отдельные  стадии  биохимических  реакций  и  определитьих  энергетические  барьеры. Для  проведения моделирования  методом  КМ/ММ  необходимо  знание  начальных  координат  лигандов  в  анализируемых  белках. Одним  из методов  получения  такой  информации может  быть молекулярный  докинг.

Программа Autodock  3.0  позволяет  проводить  докинг  лигандов  в  белки и  осуществлять поиск  глобального минимума  энергии  взаимодействия между  лигандом  и  белком.

В  данной  работе  было  изучено 48  различных  белковых  комплексов...