Состояние биоинформатики в мире - BioinforMatix.ru - портал по биоинформатике, имейджингу и биософту

Состояние биоинформатики в мире

Печать E-mail
Автор Иванов   А .С.   
17.10.2008 г.

Наряду с государственными, академическими и образовательными центрами биоинформатики, которые бесплатно предоставляют свои ресурсы для всеобщего использования, в последние годы возникло значительное число организаций и проектов, ориентированных на коммерческое использование результатов исследований в области биоинформатики. Это, прежде всего – организации, деятельность которых ориентирована на структурный, функциональный и сравнительый анализ геномов и эксперессируемых продуктов для вирусов, бактерий и эукариот (растений и животных), включая человека.

<a href='http://www.bioinformatix.ru/bioinformatika/' target='_self'>Биоинформатика</a>: Состояние биоинформатики в миреПримером такой организации является TIGR (The Institute for Genomic Research), расположенный в Роквилле неподалеку от Вашингтона www.tigr.org. Этот институт принимает участие в секвенировании генома человека (хромосома 16), поддерживает несколько собственных баз данных по нуклеотидным и аминокислотным последовательностям, обеспечивает эффективную работу через Интернет со многими базами данных, расположенными в различных странах, включая полностью расшифрованные микробные геномы (Archaeoglobus fulgidus, Borrelia burgdorferi, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Methanococcus jannaschii, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma genitalium, Thermotoga maritima, and Treponema pallidum).

Наряду с применением уже созданных методов биоинформатики интенсивно для решения прикладных задач развивается техническая и программная база проведения таких исследований. Поскольку работы, связанные с биоинформатикой требуют серьезной компьютерной поддержки, эффективной обработки больших массивов разнообразных данных из многочисленных источников, быстрого проведения многочисленных расчетов, визуализации получаемых результатов в реальном времени, в качестве базовых компьютеров во многих случаях используются серверы и рабочие станции SGI. Так, например, Центр биоинформатики Детского госпиталя в Торонто (Канада), проанализировав несколько возможных технических решений, недавно приобрел 64-процессорный Origin2000, оперативная память которого составляет 16 GB,  а  объем RAID-массива для хранения данных составляет около терабайта (sgi.com).

Интенсивно развивается и индустрия программного обеспечения. Наряду с академическими компьютерными программами появляются их коммерчески доступные версии. Так, например, недавно SGI оптимизировал алгоритмы, используемые BLAST, для Origin2000 (sgi.com), MDL (mdli.com) разработал интегрированную среду Life Science Workbench и оптимизировал комплекс программ полекулярного моделирования SCULPT, Oxford Molecular разработал целую серию работающих на UNIX-платформах программных продуктов для биоинформатики (Wisconsin Package, SeqLab, SeqStore, SeqWeb, OMIGA), и т.д. Стоимость приобретения лицезий на использование каждой из перечисленных (и аналогичных) комптьютерных программ составляет десятки и даже сотни тысяч долларов.

Несмотря на то, что сам термин (молекулярная) "биоинформатика" появился лишь в 1993 году, уже создано Международное общество ученых, работающих в области биоинформатики "International Society for Computational Biology" (http://iscb.org/) и специализированный журнал "Bioinformatics" .

Количество Центров биоинформатики выросло за последние два года в несколько раз и составляет в настоящее время более 60. Частичный перечень таких Центров приведен ниже.

 

Читайте также:

Последнее обновление ( 03.04.2009 г. )
 
« Пред.   След. »