Задачи биоинформатики - BioinforMatix.ru - портал по биоинформатике, имейджингу и биософту
Задачи биоинформатики |
Автор Николай | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
23.07.2008 г. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
К числу основных вычислительных задач компьютерной биологии и биоинформатики в настоящее время относятся: Распознавание белок-кодирующих участков Расшифровка пространственной структуры биополимеров и их комплексов. (Рентгеноструктурный анализ, методы ЯМР). Пространственное сворачивание белков (3D-фолдинг). Моделирование структуры и динамики биомакромолекул. Создание и сопровождение специализированных баз данных (баз белковых структур, нуклеотидных последовательностей, путей метаболизма, клеточных ансамблей и др.). Это основные, но далеко не полные задачи биоинформатики. Остановимся подробнее на перечисленных задачах биоинформатики. Первичные структуры.
Проблемы, связанные с анализом первичной структуры, a
t g g t g c a t t t t a c t g c t g a g g a g a a g g c t g c c g t c a
c t a g c c t g t g g a g c a a g a t g a a t g t g g a a g a g g c t g
g a g g t g a a g c c t t g g g c a g g
t a a g c a t t g g t t c t c a a t g c a t g g g a a t g a a g g g t g
a a t a t t a c c c t a g c a a g t t g a t t g g g a a a g t c c t c a
a g a t t t t t t g c a t c t c t a a t t t t g t a t c t g a t a t g g
t g t c at t t c a t a g a c t c c t c g t t g t t
t a c c c c t g g a c c c a g a g a t t t t t t g a c a g c t t t g g a
a a c c t g t c g t c t c c c t c t g c c a t c c t g g g c a a c c c c
a a g g t c a a g g c c c a t g g c a a g a a g g t g c t g a c t t c c
t t t g g a g a t g c t a t t a a a a a c a t g g a c a a c c t c a a g
c c c g c c t t t g c t a a g c t g a g t g a g c t g c a c t g t g a c
a a g c t g c a t g t g g a t c c t g a g a a c t t c a a g g
t g a g t t c a g g t g c t g g t g a t g t g a t t t t t t g g c t t t
a t a t t t t g a c a t t a a t t g a a g c t c a t a a t c t t a t t g
g a a a g a c c a a c a a a g a t c t c a g a a a t c a t g g g t c g a
g c t t g a t g t t a g a a c a g c a g a c t t c t a g t g a g c a t a
a c c a a a a c t t a c a t g a t t c a g a a c t a g t g a c a g t a a
a g g a c t a c t a a c g c c t g a a t t g g c t t a a c t t t t c a g
g a a a t c t t g c c a g a a c t t g a t g t g t t t a t c c c a g a a
a t t g t a t t a t a g a a t t g t a g a c t t g t g a a a g a a g a a
t g a a a t t t g g c t t t t g g t a g a t g a a a g t c c a t t t c a
a g g a a a t a g a a a t g c c t t a t t t t a t g t g g g t c a t g a
t a a t t g a g g t t t a g a a g a g a t t t t t g c a a a a a a a a t
a a a a g a t t t g c t c a a a g a a a a a t a a g a c a c a t t t t c
t a a a a t a t g t t a a a t t t c c c a t c a g t a t t g t g a c c a
a g t g a a g g c t t g t t t c c g a a t t t g t t g g g g a t t t t a
a a c t c c c g c t g a g a a c t c t t g c a g c a c t c a c a t t c t
a c a t t t a c a a a a a t t a g a c a a t t g c t t a a a g a a a a a
c a g g g a g a g a g g g a a c c c a a t a a t a c t g g t a a a a t g
g g g a a g g g g g t g a g g g t g t a g g t a g g t a g a a t g t t g
a a t g t a g g g c t c a t a g a a t a a a a t t g a a c c t a a g c t
c a t c t g a a t t t t t t g g g t g g g c a c a a a c c t t g g a a c
a g t t t g a g g t c a g g g t t g t c t a g g a a t g t a g g t a t a
a a g c c g t t t t t g t t t g t t t g t t t g t t t t t t c a t c a a
g t t g t t t t c g g a a a c t t c t a c t c a a c a t g c c t g t g t
g t t a t t t t g t c t t t t g c c t a a c a g c
t c c t g g g t a a c g t g a t g g t g a t t a t t c t g g c t a c t c
a c t t t g g c a a g g a g t t c a c c c c t g a a g t g c a g g c t g
c c t g g c a g a a g c t g g t g t c t g c t g t c g c c a t t g c c c
t g g c c c a t a a g t a c c a c t g a На Рис.1 показана нуклеотидная последовательность человеческого
e-гемоглобина. Основная задача состоит Табл.1. Примеры полностью расшифрованных геномов различных организмов
С
математической точки зрения поставленная проблема относится к задаче
распознавания. Задачи биоинформатики, тесно связанной с программой структурного
генома - сравнение аминокислотных последовательностей
("выравнивание"). Речь идет об идентификации похожих участков
аминокислотных последовательностей первичной структуры белков. Сравнение
последовательностей исключительно важно для выяснения степени гомологии
белков, т.е. информации, первостепенной для решения проблемы их
пространственного сворачивания (фолдинга). Решение проблемы фолдинга,
т.е. предсказание пространственной структуры белка по его
аминокислотной последовательности, является одним из перспективных
подходов к решению задач программы структурного генома.
Все эти задачи биоинформатики предъявляют высокие требования к быстродействию и объему
памяти используемых вычислительных средств, еще более возрастающие
Читаете также: Биоинформатика: геном уникальности |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Последнее обновление ( 25.04.2009 г. ) |
« Пред. | След. » |
---|