Облако тегов

Авторизация


Полезная информация

сервис пежо на Каширке
Телеконференции, научные статьи, исследования в медицине, биологии и экологии
 
 

Примеры анализа изображений с использованием программы ImageJ

Печать E-mail
Автор Борис Шилов   
09.04.2009 г.


Область применения – измерение сложных объектов

На примере изучения проблемы определения фотосинтетической части разноцветного листа


·         Конвертируем сканированное цветное изображение листа в градации серого (8-bit):

     Image -> Type -> 8-bit

·         Устанавливаем шкалу измерений:

     Провести линию над линейкой, расположенной сверху, выбрав 50 мм и затем в меню выбрать Analyze à Set Scale

·         Устанавливаем масштаб: В открывшемся окне ввести 50 в поле 'Known Distance' (Известное расстояние) и меняем единицы измерения 'Unit of Measurement' на мм, отмечаем 'Global'

Для проверки корректности можно провести новую линию и измерить ее


·         Создаем выделение с помошью порога яркостей между соседними точками для изображения листа, используя автоматическое или ручное определение значения порога:

     Process -> Binary -> Threshold

Автоматический порог отграничивает только темную область листа (содержащую большое количество хлорофилла).

 


·         Вычисляем площадь зеленой части листа:

     Для этого зеленая часть листа выделяется при помощи многоугольного выделения

     Analyze -> Analyze Particles

     Вводим 500 как минимальный размер выделяемого фрагмента, отмечаем флажок 'Show Outlines' , нажимаем 'OK'

Контуры анализируемой области рисуются автоматически.

В окне данных отображается ее площадь (area)  2001.3 mm2.


·         Теперь меняем порог для того, чтобы выделить лист целиком:

     Image -> Adjust -> Threshold и двигаем слайдеры, чтобы получить очертания целого листа

      или

     Image -> Adjust -> Brightness/Contrast, нажимаем кнопку  'Auto', нажимаем 'Threshold', двигаем слайдеры пока не выделится весь лист, после этого нажимаем 'Apply'

Ручная установка порога  позволяет выделить весь лист.


·         Вычисляется площадь целого листа:

     Analyze -> Analyze Particles

     Вводим 500 как минимальный размер выделяемого фрагмента, нажимаем 'OK'

Контуры листа рисуются автоматически.

В окне данных отображается ее площадь (area)  2447.8 mm2.

Данный анализ говорит о том, что 82% поверхности листа – темно-зеленая, т.е. содержит большое количество хлорофилла. 

Альтернативная процедура измерения площади:

          Analyze -> Set Measurements, отметить 'Limit to Threshold'

          Analyze -> Measure

Данная процедура проще, но не позволяет рисовать контуры выделяемой области.

 

Автор описания:
Larry Reinking
Department of Biology, Millersville University
Millersville, PA  17551
Этот e-mail защищен от спам-ботов. Для его просмотра в вашем браузере должна быть включена поддержка Java-script

Последнее обновление ( 09.04.2009 г. )
 
« Пред.
 
 
Научно-информационный портал. Биоинформатика, геномика, протеомика. Биософт. Анализ изображений (Imaging). Copyright © 2008-2010
Rambler's Top100 создание сайтов, разработка сайтов