Примеры анализа изображений с использованием программы ImageJ
Автор Борис Шилов
09.04.2009 г.
Область применения – измерение сложных объектов
На примере изучения проблемы определения фотосинтетической
части разноцветного листа
·Конвертируем сканированное цветное изображение
листа в градации серого (8-bit):
Image -> Type -> 8-bit
·Устанавливаемшкалуизмерений:
Провести линию над линейкой, расположенной
сверху, выбрав 50 мм и затем в меню выбрать AnalyzeàSetScale
·Устанавливаем масштаб: В открывшемся окне ввести
50 в поле 'KnownDistance'
(Известное расстояние) и меняем единицы измерения 'UnitofMeasurement' на мм, отмечаем
'Global'
Для проверки корректности можно
провести новую линию и измерить ее
·Создаем выделение с помошью порога яркостей
между соседними точками для изображения листа, используя автоматическое или
ручное определение значения порога:
Process ->
Binary -> Threshold
Автоматический порог
отграничивает только темную область листа (содержащую большое количество
хлорофилла).
·Вычисляем площадь зеленой части листа:
Для этого зеленая часть листа выделяется
при помощи многоугольного выделения
Analyze -> Analyze Particles
Вводим 500 как минимальный
размер выделяемого фрагмента, отмечаем флажок 'ShowOutlines' , нажимаем 'OK'
Контуры анализируемой области
рисуются автоматически.
В окне данных отображается ее площадь
(area) 2001.3 mm2.
·Теперь меняем порог для того, чтобы выделить
лист целиком:
Image -> Adjust -> Threshold и двигаем слайдеры, чтобыполучитьочертанияцелоголиста
Ручная установка порогапозволяет выделить весь лист.
·Вычисляется площадь целого листа:
Analyze -> Analyze Particles
Вводим 500 как минимальный
размер выделяемого фрагмента, нажимаем 'OK'
Контуры листа рисуются
автоматически.
В окне данных отображается ее площадь
(area) 2447.8mm2.
Данный анализ говорит о том, что 82% поверхности листа –
темно-зеленая, т.е. содержит большое количество хлорофилла.
Альтернативнаяпроцедураизмеренияплощади:
Analyze -> Set Measurements, отметить 'Limit to Threshold'
Analyze -> Measure
Данная процедура проще, но не позволяет рисовать контуры выделяемой области.
Автор описания: Larry
Reinking
Department of Biology, Millersville University
Millersville, PA17551
Этот e-mail защищен от спам-ботов. Для его просмотра в вашем браузере должна быть включена поддержка Java-script