Облако тегов

Авторизация


Полезная информация

термопресс для сублимации . 35К1
Телеконференции, научные статьи, исследования в медицине, биологии и экологии
 
 

Установка ImageJ под Linux

Печать E-mail
Автор Команда bioinformatix.ru   
15.04.2009 г.

Для установки и запуска ImageJ под Linux, скачайте файл Linux x86.tar.gz и выполните скрипт 'run'

Пример

gunzip ij123-x86.tar.gz
tar xvf ij123-x86.tar
cd ImageJ
./run

В более новых версиях Linux Вы можете запустить ImageJ, дважды щелкая на скрипт 'run'

Эта установка включает с себя  Sun's Java Runtime Environment 1.5 (в jre деректории) (это окружение Java, которое необходимо для корректной работы программы ImageJ и полный исходник ImageJsrc.zip).

Память

Для увеличения памяти более чем на 256 МВ от доступной ImageJ памяти, отредактируйте скрипт 'run'. Например, изменение скрипта на

./jre/bin/java -Xmx512m -jar ij.jar

делает доступным для ImageJ 512MB памяти.

Обновление

Чтобы модернизировать ImageJ до последней версии, замените файл ij.jar в директории ImageJ на более новое ядро, которое можно скачать с официального сайта ImageJ.

Компилирование плагинов

Для компилирования плагинов после инсталляции ImageJ используется команда Plugins/Compile and Run (она запускает javac компилятор, содержащийся  в файле tools.jar, включенном в Java Development Kit (JDK)). Если вы устанавливали окружение Java отдельно от ядра ImageJ, то нужно добавить tools.jar в командную строку.

Вот пример:

java -Xmx200m -cp ij.jar:\usr\local\jdk1.5\lib\tools.jar ij.ImageJ

Поддержка браузера

С версией ImageJ 1.38k и выше, можно установить команды меню Help, в браузер netscape, firefox, konqueror, mozilla, opera, epiphany или lynx.

Опции командной строки

ImageJ распознает следующие опции командной строки:

  "file-name"
     Открывает файл
     Example 1: blobs.tif
     Example 2: /Users/wayne/images/blobs.tif
     Example3: e81*.tif
  -ijpath path
     Specifies the path to the directory containing the plugins directory 
 
Определяет путь к директории, содержащему директорию плагинов
     Example: -ijpath /Applications/ImageJ
  -port
     Specifies the port ImageJ uses to determine if another instance is running      
 
Определяет порт используемый ImageJ
     Example 1: -port1 (use default port address + 1)
     Example 2: -port2 (use default port address + 2)
     Example 3: -port0 (do not check for another instance)
 
  -macro path [arg]
     Runs a macro or script, passing it an optional argument,
     which can be retrieved using getArgument()
 
Управляет макросом или скриптом, передавая дополнительный аргумент, который может быть восстановлен, с использованием getArgument();
     Example 1: -macro analyze.ijm
     Example 2: -macro analyze /Users/wayne/images/stack1
 
  -batch path [arg]
    Runs a macro or script in batch (no GUI) mode, passing it an optional argument.
    ImageJ exits when the macro finishes 
 
Управляет макросом или скриптом  в пакетном режиме (не GUI), передавая дополнительный аргумент. 
  -eval "macro code"
     Evaluates macro code Оценивает макро-код
     Example 1: -eval "print('Hello, world');"
     Example 2: -eval "return getVersion();"
 
  -run command
     Runs an ImageJ menu command
 
        Запускает командное меню ImageJ
     Example: -run "About ImageJ..."
 
Перевод с английского Николай Лян 
Последнее обновление ( 15.04.2009 г. )
 
« Пред.   След. »
 
 
Научно-информационный портал. Биоинформатика, геномика, протеомика. Биософт. Анализ изображений (Imaging). Copyright © 2008-2010
Rambler's Top100 создание сайтов, разработка сайтов