Облако тегов

Авторизация


Полезная информация

монтаж мостовых кранов
Телеконференции, научные статьи, исследования в медицине, биологии и экологии
 
 

Установка ImageJ под Windows

Печать E-mail
Автор Команда bioinformatix.ru   
15.04.2009 г.

Версия ImageJ для Windows доступна как в пакете с  32-битными и 64-битными версиями Java, так и без Java встроенной в установочный дистрибутив. Для 64-битной версии Java требуется Windows XP x64 или 64-битная Windows Vista. Обе версии с Java, включают javac компилятор, необходимый для команды Plugins>Compile and Run. Все версии программ для Windows включают ImageJ.exe, который необходимо  запустить для инсталляции  ImageJ (в дальнейшем в установленной папке ядро ImageJ будет содержаться в файле ij.jar).

При установке ImageJ вы можете просто нажать на ImageJ.exe и следовать дальнейшим инструкциям, можете инсталлировать автоматически или просто скопировать все паки и файлы с ранее установленной программы на свой компьютер. Используйте Help>Update ImageJ, чтобы обновить ImageJ на более новую версию.

Память

Используйте команду Edit>Options>Memory, чтобы увеличить значение  доступной оперативной памяти (по умолчанию 128 МБ) для работы программы ImageJ. Обратите внимание на то, что параметры  " Maximum Memory " установленные больше чем приблизительно на 75 % от  реальной RAM, может привести к снижению эффективности процессора из-за нехватки виртуальной памяти.  Команда Edit>Options>Memory изменяет третью строку  в файле ImageJ.cfg в папке ImageJ, которая должна быть перезаписываемой.

    .
    jre\bin\javaw.exe 
    -Xmx700m -cp ij.jar ij.ImageJ

Обратите внимание, что 700 мб требуется для корректной работы тогда,  когда вы запускаете ImageJ с помощью двойного клика на ImageJ.exe. Если вы запускаете ImageJ с помощью двойного клика на ij.jar, то вам требуется не больше чем 64MB оперативной памяти.

 

Иногда при установке могут возникнуть некоторые ошибки, например:

    Unable to update the file "ImageJ.cfg
    C:\ Program Files\ImageJ\ImageJ.cfg (Access denied)

Эта ошибка - результат отсутствия доступа записи к папке, содержащей ImageJ. Вы должны или запускать ImageJ как администратор, или установить ее в папку, к которой Вы имеете доступ к записи, например папка Документы.

64-bit Windows

Для адекватной работы программы ImageJ на 64-битной операционной системе, требуется 64-битный CPU (AMD64, Intel Core 2 Duo, и т.д.), 64-битную версию Java, и 3GB или более оперативной памяти.

Чтобы вручную добавить количество памяти для ImageJ, используйте команду Edit>Options>Memory & Threads. Для этого запустите ImageJ как администратор или установите его в директорию, где есть доступ к записи.

Поиск и устранение неисправностей

Вот три основных проблемы и их решения, с которыми сталкиваются при запуске ImageJ в  системе Windows:

ImageJ не запускается:

Удалите файл ImageJ.cfg в папке с ImageJ.

Невозможно увеличить размер памяти Edit>Options>Memory & Threads:

Установите ImageJ в папку у которой есть доступ для записи (например, ваш домашний каталог)

ImageJ показывает пустые окна или окна, заполненные "мусором":

Обновите драйвер для видео карты.

Drag and Drop «Перетаскивание»

Версия ImageJ для Windows  открывает изображения, текстовые файлы, ROI (области интересов) и LUT путем перетаскивания их прямо в окно "ImageJ". Это существенно облегчает работу с программой ImageJ и избавляет от рутинного открытия файлов (File/Open/…)

Известные проблемы

  1. Аварийный отказ Jаva 1.4.2 при запуске ImageJ. Эта ошибка была задокументирована компанией Sun и устранена в Java1.5 (Java 5.0).
  2. Независимо от того, сколько RAM установлено на 32-битовых системах, ImageJ не может использовать больше чем 1.7 GB памяти.
  3. Макро-функция JFileChooser, используемая getDirectory (), не работает с Java 1.5 на Vista. Чтобы устранить эту ошибку, обновите Java до 1.6 версии.

Компилирование плагинов

Команда Plugins>Compile and Run использует javac компилятор, находившийся в tools.jar файле. Compile and Run работает с версией ImageJ, совместимой с  Java, потому что она  включает в себя копию tools.jar в ImageJ/jre/lib/ext. Программа не работает, если Вы используете версию, которая не совместима с  Java, и Вы не установили Java. Чтобы устранить эту проблему, удалите  Java Runtime Environment (JRE), и установите Sun's Java Development Kit (JDK), но не забудьте удалить файл Image\ImageJ.cfg, и перезапустить ImageJ. Compile and Run не будет работать, если вы запускаете ij.jar, а не ImageJ.exe.

Обновления до Java 1.6

Чтобы обновить Java до версии 1.6, необходимо

  • Загрузить и установить новейшую Sun's Java Development Kit (JDK)
  • Перейти в папку с ImageJ и удалить из нее папку jre
  • Удалить файл ImageJ.cfg
  • Перезапустить ImageJ. После этого ImageJ.exe сгенерирует новый ImageJ.cfg файл, который будет использовать Java 1.6

Этот метод требует ImageJ 1.35 или более позднюю версию ImageJ

 

Перевод с английского Николай Лян

Последнее обновление ( 16.04.2009 г. )
 
« Пред.   След. »
 
 
Научно-информационный портал. Биоинформатика, геномика, протеомика. Биософт. Анализ изображений (Imaging). Copyright © 2008-2010
Rambler's Top100 создание сайтов, разработка сайтов