Insight II - программный комплекс с мощным графическим интерфейсом для проведения молекулярного моделирования биологических макромолекул и их лигандов (de novo дизайн), изучения межмолекулярных взаимодействий и др.

SYBYL - многоцелевой программный комплекс для молекулярного моделирования с мощным графическим интерфейсом - построение белковых структур, оптимизация и сравнение; визуализация структурных данных, молекулярно-механические вычисления, de novo дизайн, изучения межмолекулярных взаимодействий, работа с базами данных, дизайн библиотек, хемиинформатика.

Modeller - биоинформатика и вычислительная структурная биология) - программа автоматического моделирования белковой структуры с использованием в качестве шаблонной одну или несколькихструктур, а также различные пространсвенные ограничения.

AMBER - мощный программный пакет для проведения молекулярно-динамических расчетов (последняя версия Amber 9 дает возможность проведения QM/MM расчетов)

Gromacs - программный пакет для проведения динамических расчетов и анализа молекулярных траекторий. Одна из наиболее быстрых программ для проведения молекулярно-динамических расчетов.

NAMD - хорошо масштабируемая молекулярно-динамическая программа. Одна из наиболее быстрых при параллельном вычислении на большом числе процессоров.

Tinker - программный пакет для проведения молекулярно-механических и молекулярно-динамических расчетов. Force Field Explorer является графическим интерфейсом (Java) для Tinker.

ACD/3D Viewer - конвертор двумерного представления молекулярной структуры (из ACD/ChemSketch) в трехмерное

Источник: qsar.ru