face_off
Посетитель
|
Интересная программа Докинга - 22.11.2008 05:44
Dock
Особенности алгоритма: потенциалы лиганд-рецепторного взаимодействия вычисляются в узлах пространственной сетки, покрывающей сайт связывания. Поиск сайта связывания возможен по геометрическим параметрам; при этом поверхность рецептора аппроксимируется набором сфер, касающихся поверхности в двух точках и расположенных снаружи от поверхности. В первой версии программы поверхность лиганда представлялась набором аналогичных сфер, расположенных внутри поверхности. Ключевое приближение: атомы лиганда могут располагаться только в центрах сфер. В текущей версии программы автоматически происходит разделение молекулы лиганда на якорный фрагмент, для которого ведётся поиск оптимальной ориентации, и внешние заместители,
для которых ведётся исследование всех возможных конформаций.
Оценочные функции: в текущей версии программы возможна оценка энергии связывания с помощью энергетической (energy scoring), контактной (contact scoring) и континуальной (continuous scoring) функций, различные виды оценки по обобщённому методу Борна (generalised Born).
Также возможно совместное использование Dock6 и AMBER для учёта
подвижности рецептора с использованием неявно заданного растворителя.
Область применения:
Dock -- одна из наиболее популярных и быстро развивающихся программ
докинга. Высокая скорость работы при использовании простых оценочных
функций и возможность параллельных
вычислений позволяют проводить эффективный виртуальный скрининг больших
библиотек соединений. Использование более сложных оценочных функций,
учитывающих эффекты растворителя и изменение конформации рецептора,
позволяет проводить подробное исследование связывания конкретного
лиганда с рецептором.
Что Вы о ней думаете?
|
