Новый способ секвенирования РНК - BioinforMatix.ru - портал по биоинформатике, имейджингу и биософту
Новый способ секвенирования РНК |
|
|
| Автор ChemPort.ru | |
| 27.10.2009 г. | |
|
Возможно, что исследователи из США смогли решить главную проблему современной молекулярной биологии: непосредственное секвенирование единичной молекулы РНК. В последнее время появляется многочисленная информация о роли РНК в клетке не только как участника процесса белкового синтеза, но и как регулятора генов или других процессов. Флуоресцентно-меченные нуклеотиды связываются с закрепленной молекулой РНК до разрыва виртуального терминатора и добавления очередного комплементарного нуклеотида. (Рисунок из Nature, 2009, DOI: 10.1038/08390) Определение первичной последовательности расположения азотистых оснований в цепи РНК нельзя реализовать непосредственно: обычно для этого применяется процесс обратной транскрипции – получения на основании РНК комплементарного отрезка ДНК, после чего полученная ДНК подвергается амплификации и секвенируется. Множественные операции, необходимые для проведения такого определения приводят к появлению и накоплению ошибок. Исследователи из биотехнической компании Helicos, расположенной в Массачусетсе, разработали способ непосредственного секвенирования РНК. Метод основан на закреплении одного из концов РНК с поверхностью и использовании цепи в качестве шаблона для получения комплементарной нити нуклеиновой кислоты с пошаговым вводом нуклеотида за нуклеотидом с одновременным считыванием структуры вводимого нуклеотида.
Реализовать такой процесс удается за счет использования
модифицированных нуклеотидов, отличающихся двумя ключевыми
особенностями: в них введена флуоресцентная метка, а также в них
содержится «виртуальный терминатор» («virtual terminator»), группа
препятствующая внедрению дополнительных нуклеотидов в растущую цепь.
Связывание модифицированного нуклеотида с комплементарной парой в
составе анализируемой РНК приводит к проявлению флуоресцентного
сигнала. После регистрации такого сигнала раствор промывают, отщепляют
защитную группу – «виртуальный терминатор» и вводят второй нуклеотид;
такой процесс многократно повторяется до полного определения первичной
последовательности исследуемой РНК. Для проверки работоспособности
концепции исследователи из Helicos определили первичное строение
нескольких десятков тысяч РНК с помощью новой методики.
|
|
| Последнее обновление ( 27.10.2009 г. ) |
| « Пред. | След. » |
|---|