Modeller - компьютерная программа, которая моделирует трехмерные структуры белков и строит их со всеми необходимыми пространственными ограничениями.

 

Modeller является наиболее часто используемой программой для гомологического или сравнительного моделирования структуры белков: пользователь предоставляет выравненную последовательность, на основе которой программой будет смоделированна молекула с известными родственными структурами. В процессе работы Modeller  автоматически вычислит модель со всеми неводородными атомами.

 

В более широком смысле, использование программы Modeller ограничено пространственной структурой аминокислотной и лигандной последовательностью, которые будут смоделированы. Результат вычислений - трехмерная структура, которая  соответствует этим ограничениям настолько, насколько это возможно...

 

В принципе, ограничения могут исходить из многих различных источников. Они включают связанные структуры белка (сравнительное моделирование), ЯМР (ядерный магнитный резонанс) эксперименты (ЯМР детализация), правила объединения вторичных структур (комбинаторное моделирование), перекрестные эксперименты, флуоресцентную спектроскопию, реконструкцию изображений при электронной микроскопии, сайт-специфический мутагенез, интуицию, межрадикальные и межатомные потенциалы средней силы  и т.д. Ограничения могут влиять на моделирование расстояний, углов, двугранных углов, на пары двугранных углов и другие пространственные особенности, которые определены атомами или псевдо-атомами. Сейчас Modeller автоматически извлекает ограничения только из известных связанных структур и проводит их выравнивание с целевой последовательностью.

 

Трехмерная модель, полученная в программе Modeller при оптимизации функции вероятности молекулярной плотности имеет формат (pdf). Молекулярная pdf для сравнительного моделирования оптимизирована с переменно-целевой процедурной функцией в пространстве декартовых координат, которое использует методы сопряженных градиентов и динамику молекул с модельной "закалкой". Программа Modeller может также выполнять множественное сравнение последовательностей белка и/или структур, объединенных в кластеры белков, и поиска последовательности из баз данных. Программа использует язык скриптов (сценариев) и не имеет графического интерфейса. Она написана в стандартном ФОРТРАНе 90 и может работать на компьютерах с любой операционной системой (Unix, Windows, или Mac).

Приобретение программы

Программа Modeller распространяется бесплатно. Скачать ее вы можете бесплатно с официального сайта Modeller  или с нашего сайта, пройдя по ЭТОЙ ССЫЛКЕ .

 

Перевод с английского - Николай Лян