Существует возможность использования набора инструментария (который создан как библиотека классов) для создания апплетов, сервлетов и приложений. Советую всем, программа супер! Мы с моим научным руководителем Б.В.Шиловым уже создали макрос для автоматического кариотипирования, сейчас работаем над плагином для поиска парных объектов на изображении.

По просьбам пользователей нашего сайта выкладываю концепцию программного модуля "AutoKario", разработанного сотрудниками и студентами Сибирского Государственного Медицинского Университета (СибГМУ), а именно:

1. Шилов Борис Владимирович, к.м.н, доцент
2. Энглевский Николай, 2 курс МБФ (медико-биологический факультет)

Далее просто скопирую некоторые абзацы из презентации, с которой я выступал на Пироговской конференции.

Цитогенетический метод применяется для анализа кариотипа. Включает в себя изучение хромосом с помощью комплекса методик, позволяющих получать разностороннюю информацию о количестве хромосом, их морфологии и особенностях. Наиболее интенсивно применяется в области медицинской цитогенетики, пренатальной диагностике наследственных заболеваний, лабораторных исследованиях и др.

Актуальным является замена рутинного труда, связанного с ручной обработкой хромосом, подсчета их размеров, построение кариограммы, сортировки автоматическим и полуавтоматическим процессом с использованием компьютера.

Как уже было сказано выше - открытый код, хоть всей программы - просто скачиваете папку sourse с официального сайта программы ImageJ. А открытый код - очень гибкая возможность создавать и редактировать макросы, плагины, программные модули

С помощью программы ImageJ был реализован программный подход для изучения кариотипа, который может использоваться как в клинической лабораторной практике, так и для проведения научно-исследовательских работ.
При массовых исследованиях такая программа является эффективной и позволяет сокращать время работы эксперта.

В программе могут использоваться изображения любого формата, а также могут быть проанализированы изображения с микроскопа, напрямую подключенного к компьютеру.

Некоторые нюансы - для хромосомного анализа в макросе необходимы изображения с раздельно лежащими хромосомами, и в данный момент идет разработка автоматического разделения контактирующих и наложенных друг на друга хромосом.

В дальнейшие планы разработки входит внедрение данной программы на сайт в виде апплета или сервлета и ее в рамках проекта «телемедицина». (т.е. любой человек, имеющий фотографию метафазной пластинки может закачать ее на сайт, за небольшую плату (а может быть и вовсе бесплатно) встроенный модуль ее обработает и выдаст вам результаты хромосомного анализа).

Теперь непосредственно о результатах работы программы и модуля. Вообще программа ImageJ хоть и англоязычная, но интуитивно понятная. Выкладываю несколько скринов

Основная рабочая часть программы ImageJ:

Описание кнопок на рабочей панели

Теперь непосредственно о результатах работы нашей программы. При работе модуля в заранее показанной папке создается документ Excel, в который записываются заранее заданные, необходимые параметры. Например если вам необходимо посчитать площадь каждой хромосомы, периметр, угол наклона и тд. то вы их и устанавливаете перед запуском модуля. Результаты выглядят следующем образом:

Так же создается *.zip архив ROI Manager (так называемая область интересов), в которой хранятся изображения каждой хромосомы (или того объекта, который вы исследуете) в том виде, в котором они были на самой метафазной пластинки. При желании можно выделять любой из этих объектах, и смотреть, где он изначально находился на пластинке

После этого по полученным данным создается html-документ, в котором слева отображается исследуемая пластинка, а справа – попарно отсортированные по размеру изображения хромосом, которые анализируют с использованием знаний о структуре хромосом.

Ну и наверное вы уже и так знаете, что написана данная программа была в виде макроса на языке Java, что позволяет использовать ее на любой платформе, включая Windows 98/2000/NT/XP/Vista, Mac OS, Linux.

Кстати, на эту программу было получено свиделельство о государственной регистрации программ для ЭВМ "AutoKario" за номером 2008613410 от 17 июля 2008 года, за подписью Б.П. Симонова, руководителя федеральной службы по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам

 На сегодняшний день идет доработка макроса "AutoKario" в двух направлениях:

• Совершенствуется технология обсчета хромосом с применением функции гистограмм интенсивности цвета каждой хромосомы (getHistogram).
• Идет внедрение программы ImageJ на сайт в виде апплета, чтобы была возможность без установки непосредсвенно самой программы ImageJ на компьютере польователя в режиме он-лайн проводить автоматическое кариотипирование (или работать с любыми другими плагинам, макросами, да и в принципе самой программой ImageJ) просто зайдя на наш сайт
  

По вопросам приобретения данного макроса пишите на
shilov(собака)ssmu.tomsk.ru
zverkoff_85(собака)mail.ru
admin(собака)bioinformatix.ru