Клиническая протеомика - BioinforMatix.ru - портал по биоинформатике, имейджингу и биософту

Клиническая протеомика

Печать E-mail
Автор Неизвестен   
21.07.2008 г.
Это идентификация и количественное определение всех индивидуаль-ных белков, которые содержатся в образце (сыворотка крови, спинномозговая жидкость, моча, биопсия) и мониторинг изменения их концентраций. Протеом - совокупность всех белков, содержащихся в данном образце. Полный анализ протеома клеток, тканей, органов и биологических жидкостей проводится с помощью двумерного электрофореза с высоким разрешением и с последующей идентификацией индивидуальных белков за счет масс-спектрометрии. Это позволяет проанализировать до 10 000 индивидуальных белков в одном образце и зафиксировать изменения их концентраций.

Значительному прогрессу в области протеомики способствовали успехи масс-спектрометрического анализа пептидов. Масс-спектрометрия включает в себя четыре основных компонента. Во-первых, в ионном источнике масс-спектрометра из образца получают ионизированные пептиды или белки. Во-вторых, разделение ионов пептидов и белков происходит в анализаторе масс на основе их величины отношения массы к заряду (m/z). В-третьих, детектор ионов (времяпролетный масс-спектрометр) регистрирует отдельные ионы, с указанием значения m/z иона, количества ионов и времени пролета ионов от источника до детектора ионов.

Типичная последовательность операций при исследования в протеомике такова:
1) отбор образца (клетки, ткань, биологическая жидкость),
2) приготовление образца, лизис клеток, экстракция белков,
3) изоэлектрофокусировка, электрофорез в 1-ом направлении,
4) электрофорез в 2-ом направлении, полиакриламидный гель, додецилсульфат натрия,
5) проявление белковых пятен на геле,
6) анализ двумерной электрофореграммы (количество пятен, их расположение),
7) выделение участков геля, содержащих индивидуальные белковые пятна,
8) расщепление индивидуальных белков трипсином прямо в геле,
9) масс-спектрометрический анализ:
  а ) масс-фингерпринтинг пептидов,
б) определение аминокислотных последовательностей фрагментов индиви-дуальных белков,
10) идентификация каждого белка и измерение его концентрации, докумен-тирование, обработка результатов.
И, наконец, интерпретация полученных данных с помощью биоинформатики, анализ баз данных, в итоге, получение дифференциального профиля белков. С помощью этой техники уже открыты новые белковые маркеры и получены впечатляющие результаты в области кардиоваскулярной протеомики и онкопротеомики.
 
Читайте также:
Протеомика против геномики, или Cломанный ключ к наследственным болезням
Последнее обновление ( 06.03.2009 г. )
 
« Пред.   След. »


Copyright 2012 Bioinformatix.ru