Основные изменения по сравнению с предыдущими версиями
•    Наследственное разложение обеспечивается по двум величинам, что обеспечивает наилучший масштаб. Параллельно могут быть запущены 2 процесса (grompp и mpirun -np mdrun) – на выбор.
•    Для наиболее быстрого сравнения отклонений оно тоже происходит в параллельном режиме.
•    Восстановление работы программы в случае внезапного обрыва.
•    Поддержка табулирования взаимодействий, особенно необходимого для крупнозернистого сравнения.
•    Поддержка дружественного обновления
•    Несколько новых PME и некоторых опций электростатического взаимодействия.
•    Улучшенное сохранение энергии для всех применяемых алгоритмах.
•    Выполнение нескольких задач могут идти параллельно
•    Несколько новых инструментов и сервисов для анализирования

Инсталляция программы GROMACS

Программа GROMACS очень мощная, и для ее установки требуется неслабые ресурсы компьютера. При слабой конфигурации компьютера, при выполнении некоторых заданий в программе GROMACS возможно некоторое замедление работы компьютера.

Для установления программы GROMACS на ваш компьютер, вы должны обладать правами администратора. При возникновении каких-либо вопросов вы можете связаться с разработчиками программы по e-mail и получить подробную инструкцию.

Начиная с версии 3.0, программа GROMACS использует автоматический скрипт установки, что делает установку очень простой.

Для установки программы GROMACS вам потребуется 100 мб оперативной памяти, и чуть более 10 мб пространства на жестком диске. В процессе работы программы (особенно при процессе построения моделей) может произойти замедление в работе компьютера. Для устранения этой проблемы разработчики рекомендуют использовать 200 мб оперативной памяти и более.

Перед установкой программы GROMACS, закройте все работающие программы на вашем компьютере.

 

Перевод с английского Энглевский Николай