Исследование качественных и количественных характеристик транскриптома - BioinforMatix.ru - портал по биоинформатике, имейджингу и биософту
Исследование качественных и количественных характеристик транскриптома |
Автор Катохин А .В. | |
10.05.2009 г. | |
Лекция «Исследование качественных и количественных характеристик транскриптома». Данная лекция состоит из трех частей с пояснительным текстом для каждой части. Вторая лекция посвящена краткому обобщению выводов по сопоставлению характеристик методов, изложенных в прошлой лекции и обзору примеров приложения высокопродуктивных и компьютероемких методов получения качественных и количественных данных о транскриптоме – SAGE и EST. Третья лекция - конкретные примеры применения метода ДНК-биочипов в биологии. Самые распространенные области их применения – это анализ полиморфизма, анализ экспрессии генов и сравнительный анализ геномов. Введение Транскриптом – Особенность транскриптома в том, что, поскольку он является первым уровнем фенотипа, т.е. первым уровнем развертывания и реализации генетической информации, заключенной в геноме. Его структура сложно организована, поскольку отражает зависимость от стадий клеточного цикла, от типа клеток и тканей, от стадий развития организма, от наличия внешних сигналов как самой транскрипции генов, так и различных пост-транскрипционных процессов – сплайсинга, редактирования, взаимодействия с микроРНК и короткими интерферирующими РНК. Иными словами, транскриптому изначально присуща пространственная и временнáя дифференциальность в распределении транскриптов разных генов и изоформ транскриптов отдельного гена. Исследование транскриптома – одна из задач функциональной геномики. Напомню эти задачи, которых несколько в соответствии с тем набором функций, который выполняет геном.
Функции генома:
В соответствии с функциями самого транскриптома есть несколько задач транскриптомики - науки, изучающей транскриптом:
– реконструировать коды, заключенные в геноме (кооперация с геномикой) Применение методов биоинформатики к транскриптомным экспериментальным данным выдвигает ряд требований к этим данным и методам получения их. Требования к методам исследования структуры транскриптов и их дифференциального временнóго и пространственного распределения в клетках и организмах:
– возможность измерения относительного и абсолютного содержания транскриптов определенного гена в клетках разных типов;
Рассмотрим сначала методы исследования отдельных элементов транскриптома – транскриптов, Обзор методов исследования структуры и распределения транскриптов начнем с методов прямой детекция молекул РНК. Метод Нозерн-блот-гибридизация является одним из самых первых, разработанных для этих целей, но он до сих пор не потерял своей актуальности и очень часто применяется. Название его не имеет никакого отношения к «северу», оно было придумано в шутку по аналогии с названием метода «Саузерн-блот-гибридизация», предложенного исследователем Саузерном, и затем прижилось Скачать 1-ю часть лекции в формате .PDF (640 кб)Скачать пояснительный текст к 1-й части лекции в формате .DOC (100 кб) Скачать 2-ю часть лекции в формате .PDF (870 кб) Скачать пояснительный текст к 2-й части лекции в формате .DOC (110 кб) Скачать 3-ю часть лекции в формате .PDF (860 кб) Скачать пояснительный текст к 3-й части лекции в формате .DOC (90 кб) |
|
Последнее обновление ( 10.05.2009 г. ) |
След. » |
---|